Egnatia ka zhvilluar një rrugëtim historik në kompeticionet evropiane gjatë sezonit 2026/27, duke kaluar disa etapa të rëndësishme dhe siguruar një vend në fazën e ligës së UEFA Conference League. Kampionët e Shqipërisë kanë treguar se mund të konkurrojnë edhe përtej kufijve, duke regjistruar rezultate që do të mbeten të rëndësishme në historinë e klubit.
Fushata evropiane nisi në kualifikueset e Champions League, për të vijuar më pas në Europa League dhe për të kulmuar me kualifikimin historik në fazën e ligës së Conference League.
Në total, Egnatia ka zhvilluar 10 ndeshje, ku ka regjistruar dy fitore, shtatë barazime në kohën e rregullt dhe një humbje në kohën e rregullt. Duke përfshirë edhe ndeshjet e vendosura në kohën shtesë apo nga pika e bardhë e penalltisë, skuadra ka pësuar tri humbje. Bilanci i golave është gjithashtu pozitiv: 21 të shënuar dhe 15 të pësuar.
Një nga momentet më të spikatura të këtij rrugëtimi ishte përballja me Petrocub Hîncești të Moldavisë. Egnatia dominoi me rezultatin e përgjithshëm 7-2, përfshirë një fitore të thellë 6-1, duke dhënë sinjalet e para se mund të bënte një paraqitje të rëndësishme në Evropë.
Pas përballjeve të forta me skuadra si Celje dhe Lillestrøm, rrogozhinasit siguruan një vend historik në fazën e ligës së Conference League. Edhe në këtë fazë, Egnatia ka treguar qëndrueshmëri, duke barazuar 1-1 me Midtjylland dhe më pas me të njëjtin rezultat në transfertë ndaj AGF Aarhus.
